In den 70-er Jahren gab es gerade noch sieben bis acht Fischarten im Main.
Diese Zeit der größten Wasserverschmutzung ist vorbei. Heute leben wieder 28 Fischarten im Fluss. Das Wasser hat die Gütestufe 2 auf einer Skala von 1 bis 5.
Das zunehmende Umweltbewusstsein und der Bau von Kläranlagen in Gemeinden und Industrie machten Main und Kinzig wieder zur Heimat von anspruchsvollen Edelfischen wie Zander, Hecht, Schleie, Karpfen, Aal und Barbe. Nach Besatzmaßnahmen in der Kinzig gibt es sogar schon wieder Lachse im Main.
Wegen einer fehlenden Fischtreppe an der Mühlheimer Schleuse können sie allerdings nicht zum Meer abwandern. Bis 2015 muss die Fischtreppe aber nach EU-Richtlinien nachgerüstet werden.
Bemängelt wird von Anglern und Fischern aber noch das Fehlen von Laichmöglichkeiten. Krautlaicher wie Rotauge und andere Weißfische finden in den Uferbefestigungen kaum Möglichkeit zum Ablaichen. Auch der starke Wellenschlag durch Schiffe schadet den Jungfischen. Schilf- und Krautbestände gibt es nur noch in den Altarmen.
Auch die zahlreichen Kormorane, die zum Überwintern im Herbst aus Skandinavien einfliegen, dezimieren den Fischbestand. Auch Raubfische, die über den Rhein-Main-Donau-Kanal aus der Donau eingewandert sind, schlagen zu Buche: So findet der Rapfen heute im Main eine neue Heimat und raubt an der Oberfläche nach Jungfischen.
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